生态补偿制度的困境缺乏有效激励机制导致生态保护成效有限

制度设计不够透明

生态补偿制度的设计对于公众来说往往缺乏足够的透明度。政府在制定补偿标准时，很少会公开征求民众意见，更没有详细说明标准是如何计算出来的。这使得民众对整个补偿体系持怀疑态度，认为其可能存在利益输送和权力滥用的问题。例如，一些大型项目如水电站建设，其对环境影响巨大，但却能够通过高额的补偿金吸引当地村民支持，这种情况下，村民们更多的是被经济利益所驱动，而不是真正理解到生态保护与可持续发展的重要性。

激励措施不够切实

生态补偿通常依赖于市场价格来确定支付金额，这在很多情况下是不准确或不合理的。市场价格无法完全反映自然资源和生态服务提供者的价值，以及这些价值对于未来代际和全球社会整体而言所承担的一般福利成本。此外，由于资金来源有限，而且分配过程中容易受到政治压力的影响，所以即使有了相应政策，也难以形成持续、稳定的资金来源，从而影响到长期生态保护计划。

监管执行力度不足

虽然理论上说，有了一套完善的地方法规或者国家法律，但是实际操作中的执行力度往往是软弱无力的。在一些地方，当地政府由于自身利益或者其他考虑，不愿意严格执法，这导致了许多违反规定的情况得到了宽容甚至默许。因此，即便有了强大的法律武器，也不能保证其能有效发挥作用，保障生态环境得到充分保护。

参与者认知水平低

生物多样性等关键指标管理需要专业知识，对此许多当地居民并不了解，他们更关心的是直接带来的经济收益。而且，由于信息差异，他们难以判断哪些行为更符合长远利益，因此，在没有足够教育和培训的情况下，他们很难成为有效参与者，使得自我约束机制无法形成。

国际合作缺失

在全球化背景下，对于跨国界的大气层、海洋等公共资源进行管理和保护是一个复杂的问题。不幸的是，大多数国家在国际上关于如何处理这一问题上的合作仍然非常有限。这意味着，如果一个国家选择忽视环保要求，那么它可以降低自己的生产成本，并将这种竞争优势传递给消费者，而那些遵守环保要求的地方则面临成本增加，从而失去竞争能力。在这样的国际环境中，加强国内生态补偿制度显得尤为重要，但同时也需要与世界各国共同努力建立更加完善的人类活动系统，以实现可持续发展目标。